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Le Décret du 7 novembre 2013 définit le paysage de l'enseignement supérieur et l'organisation académique des études : le doctorat est un 3e cycle universitaire, les formations doctorales sont encadrées par des équipes associées en écoles doctorales thématiques agréées par l'ARES sur avis de la Chambre thématique universitaire.

L’arrêté du 4 mars 2005 fixe la liste des 20 Ecoles doctorales (EDs) par domaine d’études, sur proposition du FNRS. En 2012, celle-ci a été complétée par le Gouvernement qui y a ajouté l’ED « Sciences de la santé publique ».
L’ED « Traduction et interprétation », créée par le Gouvernement en 2011, a pour sa part été réintégrée à l’ED « Langues, lettres et traductologie » par le Décret du 7 novembre 2013.

Dès 2005, la Commission des écoles doctorale du FNRS a accrédité, se basant sur l'avis des EDs, une cinquantaine d'Ecoles doctorales thématiques (EDTs) afin de mieux correspondre à l'organisation de la recherche et de garantir la qualité des formations doctorales. Ces EDTs relèvent d'une ou plusieurs EDs. Une seule d'entre elles a demandé sa dissolution, l'EDT en Géographie dont les doctorants trouvaient suffisamment de formations au sein d'autres EDTs du domaine.

Au fil des ans, la Commission des EDs a pu constater, lors de l'examen des rapports d'activités, une professionnalisation, une standardisation et une internationalisation du travail réalisé par les écoles doctorales, ainsi que le fait que les EDTs avaient la bonne échelle. Elle a pu se réjouir de constater que la plupart des écoles ont intégré des doctorants à leur conseil scientifique.

Le F.R.S.-FNRS accorde chaque année un budget total d'à peu près 180.000 € pour soutenir les activités des EDs et EDTs ; la répartition entre Ecoles est en
partie liée au nombre de docteurs formés au cours des 5 dernières années.

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